Miyazaki estudió ciencias políticas y economía en la Universidad de Gakushuin. Siempre pensó que seguiría los pasos su padre y que se encargaría de la compañía Miyazaki Airplanes. Sin embargo, al terminar los estudios universitarios, consiguió trabajo rápidamente en la compañía de animación Toei como intercalador (encargado de dibujos entre movimientos). Este fue el primer paso en su carrera como ilustrador de manga.
Después de hacerse jefe de departamento dentro del estudio, ascendería a artista de “tweening” (el encargado de animar la conexión entre los fotogramas), iniciando su trayectoria como animador. En este momento de su carrera es cuando empieza a colaborar en animes como /Marco/ y /Heidi/ del estudio Zuiyô Enterprise por obra de, el que sería su colega más adelante, Isao Takahata.